Хепатитният Е вирус се предава по фекално-орален и контактно-битов път. Инкубационният път на заболяването е от 2 до 9 седмици, като източник на заразата може да бъде само болният човек. Той отделя вируса с фекалиите си от 20-ти до 40-ти ден след заразяването. Хепатит Е може да се определи като самоуправляваща се инфекция с вирусен характер, която е последвана от възстановяване. Не се наблюдава развитие на хронична инфекция, както е при някои други видове хепатит.