Микробиологичното изследване на фистула е процедура, при която се взема проба от материала в областта на фистула за изследване на наличие на микроорганизми, като бактерии или вируси. Фистула представлява аномално съединение между две телесни полости или канали или между тях и външната среда. Резултатите от това изследване предоставят информация за видовете микроорганизми, които могат да бъдат причина за инфекции или други заболявания в областта на фистулата. Микробиологичното изследване на фистула е важно при определянето на типа на инфекцията, ако такава е причина за образуването на фистула, и при избора на подходящо антибиотично лечение или други мерки за лечение.